Fauna
Fledermäuse sind die repräsentativsten Tiere der Höhlen, aber sie sind nicht die einzigen. In den tiefsten Teilen der Höhlen lebt eine eigenartige und sehr verwundbare Fauna, genannt **Troglobien**, die perfekt an das extreme Leben dieser unterirdischen Umgebung angepasst ist.
Aufgrund der Abwesenheit von Licht und der hohen Luftfeuchtigkeit neigen Troglobien dazu, eine Reduktion oder den Verlust der Augen, Verdünnung und Entfärbung der äußeren Kutikula, Verlängerung des Körpers und der Anhänge sowie eine Verbesserung der taktilen und chemischen Sinnesorgane zu zeigen. Die Knappheit von Nahrung und die Notwendigkeit, Energie zu sparen, begünstigen eine sehr vielfältige Ernährung und ihre Fastenresistenz. Die erwachsenen Exemplare sind in der Regel sehr langlebig, führen ein verlangsamtes Leben mit häufigen Ruhephasen und ohne tägliche und jährliche Rhythmen. Bei der Fortpflanzung sind die Eier klein, selten und entwickeln sich embryonal sehr langsam.
Die Troglobien-Fauna einer Höhle umfasst in der Regel endemische Arten, d.h. exklusiv für die Höhle, die eine wissenschaftlich sehr wertvolle Ressource darstellen. Aus biogeografischer und evolutionärer Sicht besitzen einige Arten den Status von Paläoendemismen, d.h. sie sind Relikte einer größtenteils ausgestorbenen Fauna.
Zu den Troglobien, die in der Höhle von Nerja identifiziert wurden, gehören der Käfer Platyderus speleus (Cobos, 1961), der Orthoptere Petaloptila malacitana (Barranco, 2010), der Pseudoskorpion Ephippiochthonius nerjaensis (Carabajal Márquez, García Carrillo & Rodríguez Fernández, 2001), der Diplure Plusiocampa baetica (Sendra, 2004) und der Isopode Porcellio narixae (Cifuentes, 2018), wobei die letzten drei Arten außerdem endemisch für die Höhle von Nerja sind.
Microbiota
Mikroorganismen sind die ersten Lebewesen, die Höhlen kolonisieren, zu denen sie durch Risse im Gestein oder transportiert durch Sickerwasser, Luftströmungen oder andere Lebewesen gelangen können. Normalerweise gruppieren sie sich in funktionale Gemeinschaften unterschiedlicher Komplexität, bekannt als Biofilme. Neben Organismen verschiedener Stoffwechselprozesse bestehen Biofilme auch aus Wasser und einer hydratisierten Matrix aus extrazellulären polymeren Substanzen, die sie vor widrigen Umweltbedingungen schützt und ihre Adhäsion an Substrate ermöglicht. Die Höhle von Nerja stellt den ökologischen Nischenraum für ein breites Spektrum von Biofilmen dar, die in der Regel wenig vielfältig, einfach strukturiert und sehr empfindlich gegenüber Umweltveränderungen sind.
Das Gleichgewicht zwischen den verschiedenen Gruppen von Mikroorganismen, die die Mikrobiota der unterirdischen Umgebung bilden, sowie ihre Beziehung zur Höhle selbst, bestimmen die Evolution und Erhaltung dieses fragilen Ökosystems.